Kao što je već na više mjesta rečeno, protestantizam se nije dublje i trajnije ukorijenio u hrvatskom narodu. Sam razvoj reformacije na tlu Hrvatske bio je strogo regionalno podijeljen. Dok je u sjevernoj Hrvatskoj širenje reformacijskih ideja polučilo rezultate među narodom, u primorskim krajevima pristaša reformacije bilo je ponajviše među istaknutim intelektualcima i bogatijim obiteljima.
U početnom širenju protestantizma u sjevernoj Hrvatskoj jednu od vodećih uloga imao je Hans Ungnad, vojni kapetan Štajerske i vrhovni kapetan donjoaustrijskih teritorija (koje uključuju današnju Slavoniju i središnju Hrvatsku). Njegova osnovna misao bila je da u sve pogranične krajeve, koji su bili pod njegovom kontrolom, i u krajeve pod osmanskom okupacijom, proširi protestantizam. U tu svrhu pokrenuo je slavensku protestantsku tiskaru u Urachu, uz pomoć čijih knjiga bi širio reformacijske ideje. Kada je ta tiskara propala 1565. g. ban Zrinski je na svom imanju u Međimurju ustanovio hrvatsku protestantsku tiskaru.
Drugu odlučujuću ulogu u širenju protestantizma imao je Mihajlo Starin, koji je na području Slavonije u razdoblju između 1544. i 1551. osnovao (reformirao, tj. Starin je pridobio veliki broj svećenika i puka za novu vjeru) 120 protestantskih crkvenih općina.
Jednu od odlučujućih uloga u širenju protestantizma u sjevernoj Hrvatskoj imali su i luteranski i kalvinistički propovjednici. Prvi u navedena područja dolaze iz Štajerske i Kranjske, dok se kalvinizam infiltrira iz Ugarske. Njima se oštro suprotstavio zagrebački biskup Šimun Erdödy. Na području zagrebačke županije najviše su se istakli domaći propovjednici: luterani Ivan Drugnić iz križevačke županije i Grgur Vlahović iz Ribnika kraj Ozlja, te kalvinisti Mihovil Bučić i Benedikt Blažeković. U Vojnoj krajini centar reformacije je bio Karlovac gdje se protestantizam održao sve do 1568. kada su došli franjevci.
Za razliku od sjevernih kopnenih krajeva gdje je reformacija imala uspjeha i među narodom, u priobalnim krajevima nije imala većeg uspjeha. Jedno od mogućih objašnjenja jeste, što je u pojedinim krajevima već od srednjega vijeka rašireno narodno pismo, glagoljica, koja se koristila i među svećenstvom (popovi glagoljaši) i prilikom prijevoda crkvenih tekstova, pa je tako osnovna misao vodilja protestantizma već odavno bila zadovoljena. Ali ipak etiketom protestantizma obilježen je veliki broj intelektualaca u Istri, Kvarneru i Dalmaciji, što pokazuju i brojni procesi koje je inkvizicija vodila protiv njih (usp. Antonio Miculian, Protestantizam u Istri, 2006).
Protureformacija iliti katolička obnova manifestirala se u više pravaca. U Hrvatskoj se pojavljuju novi crkveni redovi, pavlini i isusovci, nositelji katoličke obnove, posebno u sjevernoj Hrvatskoj koja je kulturno i politički bila više vezana za kulturna središta srednje Europe. Osnivanjem isusovačkih škola i raznih znanstvenih ustanova u kojima su se spajali elementi kršćanske filozofije i humanističko obrazovanje, katolička obnova širila se i u one krajeve u kojima nije bilo reformacije.
