Catalogus testium veritatis
(Katalog svjedoka istine)
Monumentalno djelo u kojem je Vlačić nastojao skupiti, od najstarijeg vremena pa do njegova doba, sve «svjedoke» koji su se suprotstavili centralnoj kontroli papizma i potvrđivali teze protestantskog pokreta. Koristeći primarne izvore, uz Vlačićev komentar, Catalogus opisuje teškoće tih ljudi koji su se kroz vjekova borili za očuvanje novozavjetne vjere i suprotstavili se «Antikristu» (tj. Rimu).
Catalogus je napisan u razdoblju od 1553. do 1555. godine, prvi put je objavljen u Baselu 1556. godine i doživio je desetak izdanja. Postoji i nekompletan hrvatski prijevod iz 1960. godine. Tekst cijelog Catalogus-a je digitaliziran i može se naći na stranicama sveučilišta u Mannheimu:
http://www.uni-mannheim.de/mateo/camenahist/autoren/flacius_hist.html
Nabrajanjem skoro 400 «svjedoka istine» Vlačić je namjeravao dokazati da reformacija nije nastala tek u 16-om stoljeću, nego da su oduvijek postojali ljudi koji su htjeli osloboditi od centralne moći Rima. Oni su također težili čitati i interpretirati Sveto pismo u svojim domovima i zajednicama.
Kao prvi svjedok spominje se apostol sveti Petar, a na listi se nalaze crkveni vjerodostojnici i svećenici. Među njima je Photius I. (c. 820.-893.), carigradski patrijarh koji je odbio prihvatiti nadmoć pape u pitanjima Istočne crkve; kao i opat Joachim de Fiore iz Calabrije (c. 1135.-1202.), teolog i mistik. Duhovni obnovitelji i reformatori crkve, kao što je bio Jan Hus (c. 1371.-1415.), kao i grupe vjernika (na primjer, bugarski narod koji je kolektivno primio kršćanstvo, te Valdežani) također se nalaze na listi. Čak su se i neke političke vođe našle među svjedocima: Karlo IV. (1316.-1378.) i Sigismund (1368.-1437.), carevi Svetog Rimskog Carstva. «Svjedoci istine», predstavnici niza naroda, bili su ljudi koji su se na razne načine suprotstavili papinskoj moći i njenim financijskim, moralnim i političkim ekscesima.


Ecclesiastica Historia
(Magdeburške centurije)
centurijeGolema povijest trinaest prvih vjekova kršćanstva, objavljena (od 1559. do 1574.) u jedanaest velikih svezaka (prva tri stoljeća su štampana u jednom tomu). Vlačić je to djelo zamislio i inicirao prikupljanjem građe iz cijele Europe, uz pomoć suradnika, tzv. «centurijatora». Bio je glavni urednik i jedan od pisaca u prvih pet svezaka, te suradnik u ostalim svescima, s izuzetkom trinaestog. Premda je to djelo proizvod skupine autora, prvenstveno se pripisuje Vlačiću iako je, u stvari, za veći dio rada zaslužan Johannes Wigand (1523.-1587.). Magdeburške centurije predstavljaju i prvi značajan protestantski rad o crkvenoj povijesti.
Koristeći primarne izvore, Vlačić i njegov tim su namjeravali dokazati da je kroz vjekove kršćanstva uvijek bilo onih koji su ostali vjerni pravoj apostolskoj vjeri. Premda je četrnaesti i petnaesti svezak planiran, Vlačićevom smrti 1575. godine, projekt je izgubio na snazi tako da posljednji svesci nikad nisu bili objavljeni iako postoje neobjavljeni Wigandovi rukopisi koji se danas nalaze u knjižnici Herzog August u Wolfenbüttelu.
Tekst svih Centurija je digitaliziran i može se naći na stranicama Monumenta Germaniae Historica:
Clavis Scripturae Sacrae
(Ključ Svetoga pisma)
Clavis se sastoji od dva dijela. Prvi je enciklopedijski rječnik pojmova iz Svetog pisma dok je u drugom dijelu objavljeno sedam hermeneutičkih rasprava (o metodi protestantskog tumačenja i razumijevanja Biblije), pa je time postalo temeljno djelo protestantske biblijske hermeneutike. Prvi put je objavljen u Baselu 1567. godine (izdao ga je Johannes Oporinus) i doživio je više izdanja. Vlačić je najvjerojatnije bio potaknut završetkom Tridentskog sabora (1545.-1563.), i zaključcima s kojima se nije slagao, da poduzme ovaj veliki poduhvat.
Clavis – Predgovor
Već u svom uvodnom pismu, posvećeno vojvodi Christophu von Württembergu, Vlačić objašnjava da će pratiti princip reformacije «Sola Scriptura» (samo Sveto pismo) i da će se suprotstaviti stavu Tridentskog sabora po kojem Sveto pismo i crkvena tradicija (uključujući odluke crkvenih koncila) imaju podjednaki autoritet. Ovo je, po Vlačiću, «Supra & Contra Scripturam» (nadmašuje Sveto pismo i suprotno je njemu). Kasnije također piše da je Biblija «Norma seu regula coelestis veritatis» (jedino mjerilo koje regulira nebeske istine).

Theologorum Thesaurus
Prvi dio Clavisa je biblijski rječnik, posvećen studentima teologije da bih oni mogli naći izvornu informaciju u Svetom pismu koja će im pomagati u pripremama propovjedi – piše Vlačić u uvodu knjige. Rječnik sadrži razne članke o nizu riječi i važnim biblijskim pojmovima.
U drugom dijelu Clavisa nalazi se sedam traktata (tractatus) različitih duljina, koji obrađuju razne oblasti Vlačićeve biblijske hermeneutike.
Prvi traktat, «O metodi upoznavanja Svetog pisma» (De Ratione cognoscendi Sacras Literas) ima dvadeset četiri dijela i 122 strana. S time je jedan od najduljih traktata u knjizi. Prva četiri poglavlja ovog traktata su prevedena na njemački i tiskani su tako da paralelno prate originalni (latinski) tekst (Lutz Geldsetzer, 1968). Početni dijelovi se bave preliminarnim izazovima proučavanja Svetog pisma: zašto je Sveto pismo toliko teško za razumijevanje; koja su pravila za proučavanje Svetog pisma; kao i instrukcijama za čitanje Svetog pisma. Ostali dijelovi uključuju razne teme, kao što je komentar o različitim vrstama literature u Bibliji (psalmi, proročke knjige, evanđelja, poslanice itd.) i veoma praktični metodološki savjet u vezi proučavanja svetih tekstova.
Drugi traktat (Sententiae, ac Regulae patrum, de ratione cognoscendi S. Literas) predstavlja sažetak dokumenata koje su napisali crkveni oci o već spomenutoj temi.
Treći traktat (De Partibus orationis), koji je malo kraći od prethodnih, zajedno sa četvrtim (De Tropis et Schematibus S. Literarum), koji sadrži 180 strana, skreće pažnju na one detalje govora i jezika koji se pojavljuju u Svetom pismu. Ovi dijelovi prikazuju niz gramatičkih i jezičnih pravila, kao što je uporaba usporedbe i superlativa, kao i analizu stila i stilskih figura, uključujući pregled pravila za korištenje metafora, alegorija, hiperbola, sinegdoha, metonimija i tropa. U ovim traktatima Vlačić koristi i usporednu/komparativnu lingvistiku za biblijske jezike da bih pokazao razne modele u njima.
Peti traktat (De Stylo Sacrarum Literarum), poslije kratkog uvoda, nastavlja sa razmatranjem svete literature.
Šesti traktat (Aliquot theologici Libelli, etiam ex sermone sacro pendentes, as eum illustrandum non parum utiles) sadrži ponovno tiskanje teoloških radova Vlačićeva. Među njima se nalazi kratki traktat o korištenju imena Isusa i hebrejsko ime Boga, Jehova, koji sadrži i Vlačićevu kritiku kabalizma kontroverznog nirnberškog i kasnije königsberškog reformatora, Andreasa Osiandera (1498.-1552.). Među ponovno tiskanim radovima je i Vlačićeva magistarska teza koju je obranio na wittenberškom univerzitetu u 1546. godini i bila je objavljena uz predgovor Philippa Melanchthona. U ovom djelu Vlačić tvrdi da su točke koje označavaju samoglasnike na hebrejskom jeziku dio Božje inspiracije u Svetom pismu. U istom traktatu Vlačić nagovara svoje čitatelje na učenje hebrejskog (Adhortatio ad studium Linguae Hebraeae) i na proučavanje Svetog pisma (Adhortatio ad studium Sacrarum Literarum).
U posljednjem, sedmom traktatu (De norma seu Regula coelestis veritatis) Vlačić nabraja po njemu najveće zablude Tridentskog sabora i papinstva uopće. Jedan dio se bavi teorijom nadmoći crkvenih koncila nad papinstvom Nicholasa de Cusa (1401.-1464.), u vezi čega je on kasnije promijenio svoje mišljenje.
Vlačićevo razočarenje i ogorčenje Katoličkom crkvom bilo je djelomično zbog sudbine njegovog rođaka, Balda Lupetine (1502.-1556.), koji je najprije bio franjevački provincijal, a zbog njegovog prihvaćanja protestantskih ideja Crkva ga je proglasila heretikom i bio je potopljen u Veneciji. Lupetina je prvi savjetovao Vlačića da ide u Njemačku na studij teologije.
Posljednji dio sedmog traktata, «O nazivima i suštini iskonskog grijeha ili starog Adama», sadrži Vlačićevo učenje o iskonskom grijehu – doktrina koja je bila veoma važna za njega.
Glossa compendiaria in Novum Testamentum
(Komentar Novog zavjeta)
Vlačićevo kritičko izdanje grčkoga teksta Novog zavjeta iz 1570. godine, s Erazmovim latinskim prijevodom, koji je Vlačić ispravio na više mjesta. Pri dnu je otisnut Vlačićev komentar ili Glossa compendiaria.
Važan izvor za interpretiranje Svetog pisma u srednjem vijeku bila je tzv. Glossa ordinaria, komentar latinskog Vulgata prijevoda Biblije na osnovu teoloških djela crkvenih očeva. Vlačićev komentar se od nje razlikuje i u nazovu (Glossa compendiaria = kratak komentar) i u tome što se kritički bavi samim prijevodom s grčkog jezika, za koji je Vlačić bio stručnjak.

Popis ostalih radova
Flacius, Matthias Illyricus. Clavis Scripturae Sacrae, seu de Sermone Sacrarum literarum (Basileae: Ioannes Oporinus & Eusebius Episcopius, 1567).
________ . Demonstrationes evidentissimae XXX. Praesentiae, distributionisque corporis ac sanguinis Christi in sacra coena hactenus multis minus cognitae (Ursel: Nikolaus Henricus, 1565).
________ . Demonstrationes evidentissimae doctrinae de essentia imaginis Dei et Diaboli, iustitiaeque ac iniustitiae originalis, una cum testimoniis veterum ac recentium theologorum (Basileae: Petrus Pernas, 1570).
________ . Defensio sanae doctrinae de originali iustitia ac iniustitia, aut peccato (Basileae, 1570).
________ . Catalogus Testiam Veritatis qui ante nostram aetatem Pontifici Romano et papismi erroribus reclamarunt pugnantibusque sententiis scripserunt (Basileae: Ioannes Oporinus, 1563). Translated into Croatian from a 1666 Frankfurt edition by Vinko Vitezica (Zagreb: Jugoslovenska akademija znanosti i umjetnosti, 1960).
________ . O načinu razumijevanja Svetog pisma (translated by Željko Puratić),(Zagreb: Hrvatska sveučilišna naklada, 1993). Translation into Croatian of a section from Clavis scripturae sacrae seu De sermone Sacrarum literarum (1567), Jure Zovko (ed.).
________ . Paralipomena Dialectices, Libellus lectu dignissimus, et ad Dialecticam Demonstrationem certius cognoscendam, cuius etaim in Praefatione rima quedam principia proponuntur, apprime utilis (Basilea: Iacobus Parcus, 1558). Translated into Croatian by Josip Talanga and Filip Grgić (Zagreb: August Šenoa, 1994).
________ . Von Ankunfft des Römischen Keiserthumbs an die Deutschen, (Ursel: Nikolaus Henricus, 1567). Foreword to Maximillian II translated into Croatian by Dragica Đujić, in Zbornik radova trinaestog znanstvenog skupa „Susreti na dragom kamenu“ (Pula: Viša ekonomska škola “Dr Mijo Mirković”, 1985), 3-18.